يكشف تحقيق "جمهورية الكبتاغون" عن حجم انتشار صناعة عقار الكبتاغون المخدر في سوريا، ويرصد الفيلم من خلال تصوير سري مواقع تصنيع الكبتاغون وعدة مسارات لخروجه من البلاد، ويستعرض شبكات المصالح التي نشأت حول تلك الصناعة لا سيما من العناصر الأمنية التابعة للنظام، ويصحب المشاهد في رحلة صناعة الكبتاغون بداية من طرق دخول المواد الأولية من إيران والعراق وصولا إلى طرق تهريب العقار الرسمية إلى دول العالم المختلفة ومن أهمها دول الخليج العربية.
و.يستضيف الوثائقي شخصيات صحفية وسياسية متابعة للقضية تكشف عن ارتباط مباشر بين الفرقة الرابعة بقيادة ماهر الأسد وتصنيع الكبتاغون الذي أصبح أحد أهم موارد النظام السوري المالية رغم العقوبات الدولية على النظام من الاتحاد الأوربي أو الولايات المتحدة الأمريكية".